聂克塞的中军崩溃，直接导致全场溃败。这场大战结束之快，快到满桂等将领都有点不敢相信。
此战过后，三部残留下来的人马已经彻底失去了抵抗力。三部近十七八万人马，超过十万人被明军俘虏，尤其是索伦部和科尔沁部两部残留的人马整个部落全部投降了明军，只有满清的数万人马下落不明。
尤世威率领的五千大军也包围了希维尔斯克。希维尔斯克的守将是斯捷潘诺夫，而在希维尔斯克只有不到五百守军。
尤世威的大军将希维尔斯克三面团团围住之后，当天便开始使用火炮轰击。希维尔斯克只是一座木城，城池极小，在明军火炮攻击之下，俄国人死伤惨重，在近半天的火炮轰击之后，俄国人死伤近三成。
斯捷潘诺夫乞降，遣使要求在保留武装的条件下撤离希维尔斯克，但被尤世威拒绝。朱由校早有旨意，拒绝接受俄国人的投降。
第二日，明军继续使用火炮轰击，希维尔斯克被明军轰成了一片废墟，斯捷潘诺夫被明军火炮击中，当天便殒命在希维尔斯克城内。剩余的俄国人不得不开城无条件投降，希维尔斯克被明军占领。
在朱由校的旨意下，尤世威将投降的两百多俘虏全部吊死在了希维尔斯克。
明军攻占希维尔斯克的消息传到雅库茨克，雅库茨克的长官戈洛文大为震惊，他完全没想到明军会主动出击攻打俄国人的据点。戈洛文意识到接下来明军可能大举进攻俄国在西伯利亚的据点，他立刻决定向米哈伊尔三世汇报西伯利亚的情况，请求增兵。
大明这边为了堵截满清残留在西伯利亚的人马，明军开始在勒拿河以西一连修建了十座木城作为据点。为了解决食物等问题，明军再次在西伯利亚实施军屯的制度，让当地的驻军实行自给自足。
明军对满清残留的人马围追堵截，也取得了一定的效果，聂克塞率领的数万民众在明军的围追堵截之下，仅仅不到两万人逃过了勒拿河，逃入了俄国人的势力范围之内。其余的人要不就死在了路上，要不就被明军所俘虏。
六月初，尤世威统兵五千进攻位于勒拿河的雅库茨克，孙祖寿统兵三千进攻位于勒拿河的奥廖克明斯克。而此时戈洛文请求增兵的公文还在前往莫斯科的路上。
六月十五日，孙祖寿的三千兵马围住奥廖克明斯克。而奥廖克明斯克的守军也只有数百人。
六月十九日，尤世威的五千军队围住日甘斯克这座木石混合结构的小城。
六月二十日，孙祖寿的火炮开始轰击奥廖克明斯克。在下午时分，明军组织了第一次强攻，但却被守城的俄军击退。孙祖寿意识到奥廖克明斯克的守军抵抗要比他想象中的顽强得多。
在第二日的进攻中，孙祖寿没有再强攻奥廖克明斯克，而是充分发挥自己的火炮优势，直到第三天，明军才组织第二次强攻，但这次强攻依然没有奏效。
孙祖寿知道在西伯利亚的俄军数量极少，除了雅库茨克的守军过千之外，其余的据点，守军都只有几百，而且尤世威已经开始攻打日甘斯克了，所以孙祖寿并不着急。
在奥廖克明斯克的战斗一直持续七天，孙祖寿才得以破城，破城之时，奥廖克明斯克的俄军已经只剩下五十多人了。
而相对于奥廖克明斯克的战斗，日甘斯克的战斗要快得多，在孙祖寿拿下奥廖克明斯克当日，尤世威也夺取了日甘斯克。日甘斯克的战斗之所以如此顺利，这主要是戈洛文意识到明军可能会大举进攻俄军在西伯利亚的据点，他将日甘斯克的物资和人员大部分都抽调到了雅库茨克。
七月初六日，尤世威的大军布与城西，将战船布于城北，所有的火炮集中在城西北。而位于奥廖克明斯克的孙祖寿完全封锁了勒拿河，一是避免位于基廉斯克的俄军支援雅库茨克，二是避免雅库茨克的俄军从勒拿河上逃跑。
七月初八，尤世威对雅库茨克正式展开了攻击，七十多门火炮一齐开火轰击雅库茨克，轰得整个雅库茨克地动山摇。雅库茨克的近十门火炮也展开了还击。
“肖提督，有没有办法将对面的火炮先轰掉？”尤世威问道。
“可以使用重炮，现在重炮阵地正在架设，应该很快就可以了。”肖长春用望远镜观察了一会说道。
“先集中重炮将雅库茨克的火炮轰掉，不然我军的压力太大了。”尤世威说道。
“诺。”
第一天的战斗就是在双方的炮战中结束了，明军在付出了十八门火炮的代价之后，终于将雅库茨克的火炮全部摧毁。
从第二天开始，明军在火炮的支援下便展开了强攻。现在在雅库茨克的守军已经接近两千人，俄军在戈洛文的率领下，进行了顽强的抵抗，这使得双方战斗是明军进入西伯利亚之后与俄军展开的最激烈的一场战斗。
雅库茨克的战斗一直持续到了十天，明军才得以功入雅库茨克。在攻入雅库茨克城之后，双方又进行了激烈的巷战，戈洛文中弹身亡，托尔布津改任雅库茨克的长官，带领剩余的俄军继续顽抗。
而俄国的米哈伊尔三世听闻明军出兵西伯利亚的消息之后，一边派出两千人的军队进入西伯利亚，一边同时派出使者向大明议和，请求议定边界。但米哈伊尔三世此刻并不知道明军正在强攻雅库茨克。
一直到七月二十九日，明军才彻底控制雅库茨克。这场战斗，明军付出死伤一千六百余人的代价才取得了胜利，而驻守在雅库茨克的俄军除了一百多人被俘之外，其余的人大多都死在了雅库茨克，只有少数几个人逃出了雅库茨克。
明军进入雅库茨克之后，发现了许多被残害当地土著居民的尸体，尤其是当地的土著妇女更多，明军一次便在雅库茨克城内救出了多达上百的土著妇女。
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