有日本在中间周旋，事情很快就有了着落。
1920年6月22日，北京政府严厉斥责张作霖在东北宣布独立的事情，要求张作霖必须取消独立，不然北京政府就要出兵讨伐张作霖。当天下午，张作霖就发表通电，表示取消独立，承认自己之前太过鲁莽，承认自己的错误。表示自己依旧愿意听从北京政府的命令。
1920年6月23日，北京政府再次通电，罢免了张作霖的东北巡阅使职务，任命张作霖担任奉天督军。当天下午张作霖在奉天宣布接受北京政府对于自己奉天督军的任命。
不过张作霖虽然接受任命，但在哈尔滨、长春、吉林一带的部队并没有撤回去。相反随着局势开始平稳之后，反而是派遣更多的部队驻扎长春。因为张作霖不甘心。
此次直皖战争，张作霖本来是雄心万丈。
可是不仅丢失了十万部队，而且接连丢失黑龙江和半个吉林。现在甚至连东北巡阅使的职务也丢了，变成了一个奉天督军。张作霖岂能甘心。
因此他并不愿意放弃吉林的几个重要城市，包括哈尔滨、长春、吉林这些地方。
不过这时候段勋已经不管那些。
因为随着曹锟这些直系大佬宣布下野，段勋部队控制北京局势之后，段勋北上已经提上了日程。毕竟段勋和戴戡已经被任命为内阁副总理，还有一些人被任命为内阁总长职务，肯定是要进入北京行使权力的。
段勋的指挥机构都要随着段勋入京。
1920年6月27日，原北京卫戍部队，中央陆军第十五混成旅离开北京，驻扎通州，隶属于警备师（师长胡景翼）麾下，同时接受京畿卫戍司令刘湘的命令。而原警备师第四旅（董宋衍）的部队进入北京，被段勋任命为北京卫戍部队。第四旅从警备师调出来，扩编为师，坐镇北京。董宋衍担任这支部队的师长，而原警备师参谋长贺耀祖被任命为北京警备司令。
紧接着段勋任命邓汉祥北上担任北京市市长，目前担任河南省副省长兼任警察厅厅长的唐式遵北上担任北京市公安局长。
北方毕竟不是段勋的控制中心。
北京更是各种势力混杂的地方。因此此次入京段勋还是非常小心翼翼的。在自己和边防督署的高官入京之前，要做好一切防备措施。调动的都是自己的心腹，掌握北京城的实权。担任北京市市长的邓汉祥是段勋幕僚出身，担任北京警察局局长的唐式遵是段勋的副官出身，都是段勋的嫡系人马。
而北京卫戍部队，董宋衍的警备师第四旅，那是段勋在四川的警卫团改编而来。甭管是担任师长的董宋衍，还是担任北京卫戍司令的贺耀祖，段勋都是非常信任。
等他们就位，控制北京之后，段勋继续派人入京。
1920年6月30日，戴戡代表段勋率先进京。
戴戡作为段勋边防督署的二把手身份和徐世昌、王宠惠进行了最后的交谈，敲定更多的事宜。当然也为段勋入京做最后的准备。1920年7月4日，王宠惠以内阁总理的身份任命杨永泰担任国务院秘书长。
至此段勋在北京的布置完全结束。
1920年7月7日，段勋和一众原边防督署的高官离开武昌，坐火车入京。不过段勋并没有直接入京，而是走过一段路，就下车慰问一下自己的部队。
火车一路上，周围的城市都是段勋的部队。
很多。
一路慢慢悠悠的入京，足足用了五天的时间。一直到1920年7月13日中午的时候，段勋才来到了通州。
“将军。”
“老师。”
此地的军队将领，都在这里等着段勋。
虽然徐世昌和王宠惠几次发电报，邀请段勋快点入京，但段勋还是并不着急。徐世昌和王宠惠是因为，没有段勋这个实力派的到来，北京政府根本无法运转。但对于段勋来说，在进入北京之前，把自己在外面的事情处理完才是更重要的。因此段勋并没有太着急，来到通州之后是再次下车先看看自己的部队，毕竟此次作战直隶和山东这边的战争最激烈。
慰问一下是应该的。
也要做一些布置。
“甫澄（刘湘），部队情况如何？受伤的官兵都安置妥当没有？”
“老师，你放心。我们受伤的官兵都安置好了。不过曹锟的官兵受伤很多，安置起来不是那么容易。现在的情况是医院少，医生也缺乏，药品也非常短缺。”
刘湘和段勋几乎是并肩走。
后面跟着的有熊克武、徐永昌、杨杰、尤民、顾品珍、井勿幕、韩麟春、韩建铎这些军事部高官，在他们后面则是胡景翼、段勘、胡若愚、李家钰、贺国光、岳维峻、蒋世杰、董振五这些前线的军官。
“甭管是谁，一视同仁。如果实在是无法安排，那么利用铁路把这些伤员往各个其他城市安排。直隶不行，就山东。山东也不行，就往湖北、河南的城市。”
“是。”
“还有，你全权负责直隶和山东的军事事宜。立马给直隶和山东的各个县城下一道命令，让此次战争期间产生的所有溃兵在一个月之内来就近的部队报道。要是一个月之内不来部队报道的，以后被抓到，全都按照土匪处理。从现在开始你的主要任务就是尽快的让直隶和山东恢复平静。不能让那些乱兵祸害地方。”
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